Natureza, Razão e Mistério trata de questões e de autores que foram particularmente importantes no pensamento e na cultura portuguesas, muito designadamente no que concerne à segunda metade do século XIX e primeira do século xx. Natureza, Razão e Mistério, a par de se fazer eco duma perspectiva comparada do estudo do pensamento português, tanto logrará pôr em contacto com autores como o Padre António Vieira, Amorim Viana, Guerra Junqueiro, Sampaio (Bruno), Raul Brandão, Basílio Teles, Leonardo Coimbra, José Marinho, Álvaro Ribeiro, Delfim Santos, António Braz Teixeira e Pinharanda Gomes…, como possibilitará aceder ao conhecimento da perspectiva que tais autores consagram sobre questões como a ideia de Deus, a concepção da religião, o problema do Mal, o conflito da razão científica e da razão religioso-teológica, o positivismo, o materialismo e o racionalismo, a «questão religiosa», o sebastianismo português e a missão divina de Portugal, o messianismo e o progresso, a monarquia e a república, a «filosofia portuguesa» e a filosofia portuguesa… No âmbito de uma aparente heterogeneidade de autores e de temáticas, Natureza, Razão e Mistério, recorrendo com frequência à análise comparada, não se dispensará de fazer emergir Sampaio (Bruno), quer como referencial de pensamento dos autores do seu tempo e décadas seguintes, quer como pensador e filósofo que, entre nós, e antes de mais ninguém, demonstrou ser capaz de afirmar o Mal como mistério absoluto, de superar o conflito iluminista da razão e da religião, de conceber a filosofia segundo parâmetros de universalidade e de situação